洁净室的清扫、灭菌是洁净车间的重点，须做到如下要求：

1、洁净室的清扫一般须在生产工艺结束后进行;如有必要在生产前清扫，则工艺生产必须在净化空调系统开机运行时间达到洁净要求后方可开始进行。为防止交叉污染，清扫洁净厂房设施均应按产品特点、工序要求、洁净度等级不同分别专用。

清扫工具一般采用集中固定式和便携移动式真空清扫设备。如不具备上述条件，也可采用不掉纤维的材料如丝光毛巾、尼龙布进行擦拭，一般每天1次或数次。

工作台及器具清扫一般每天一次;10～1000级厂房墙壁、地面清扫，一般每周一次，1万～10万级每月一次。净化空调系统每年宜清洗1～2次，并委托专业人员进行清扫。

2、洁净室灭菌 ,对生物洁净室，除对送入洁净室的空气中的生物或非生物微粒数要受到控制，还要对室内器具、地面、墙面、壁板等表面进行消毒处理。空气洁净技术不能杀灭细菌，生物洁净室运行管理中必须采取消毒、灭菌措施，减少微生物在洁净室中的生存、繁衍。

目前，传统灭菌方法为：紫外线灭菌、药剂灭菌、加热灭菌和臭氧灭菌法。它们安全可靠性都很好，应用最为广泛。

另外，整个被消毒灭菌的洁净室应通过送回风管形成循环状态，每天开机做空气灭菌1—1.5小时;若需对洁净室墙体、地面和设备等表面进行消毒灭菌则需2小时左右。